Por um tempo, as coisas têm sido pacíficas na Terra. Muito abaixo do solo, o reino de Seatopia envia o besouro gigante Megalon e o monstro Gigan para destruir os habitantes da superfície. Um robô que muda de tamanho chamado Jet Jaguar pede a ajuda de Godzilla em uma tentativa de salvar a Terra da destruição completa.