No futuro, o mundo encontra-se a beira da ruína e a civilização está próxima da extinção. Qualquer esperança de um amanhã melhor foi mascarada diante da incerteza da escuridão. Um homem, no entanto, acredita que pode fazer algo para resolver isso. Um mascarado, conhecido como Paradox, deseja eliminar o flagelo que ele considera responsável por trazer ao mundo a corrupção (o jogo de cartas Duel Monsters). Paradox está determinado a erradicar essa ameaça perigosa da história, mas em seu caminho estão três duelistas lendários que farão o que for necessário para salvar o que está na linha do tempo, seus amigos, sua família e o jogo que eles amam. Pela primeira vez, Yugi, Judai e Yusei irão se unir e lutar com todo o coração no duelo que vai decidir o passado, presente e futuro!